驳回原册，勒令该地计吏重新填报，盖上原衙门的印信，重新上交审批。可是，大多数地方与京师相距遥远，远则六七千里，近亦三四百里。在当时交通条件相当落后的情况下，这种往返会耽误十几天、几十天，甚至几个月的时间。为避免不必要的奔波之苦与时间浪费，各地计吏均带着盖有官印的空白册页，预备遭户部驳回时，遵照户部数额，立即重新填报。这本来是衙门中习以为常的惯例，没想到细心的朱元璋发现后，认为这是各级官吏营私舞弊、欺上瞒下的恶劣行径，立刻勃然大怒：“吏员竟敢如此欺朕耶？户部主事容隐，各省自然胆大妄为。”下令处死户部尚书及各地布政衙门的主印长官，佐官杖一百，发配边地。“空印案”中涉嫌被处死者有数百人，受杖发配者达数千人，一时震动天下。

不过，与发生于洪武十八年（1385年）的郭桓贪污案相比，“空印案”可以说是小巫见大巫。朱元璋十分痛恨不时出现的贪污现象，他主观上判断朝廷中掌管钱谷、刑名等事的六部，是天下官吏贪污的最主要源头，因此对六部官员备加提防。郭桓为当时的户部侍郎，1385年，有人揭发他与北平（今北京）官吏李或、赵金德等人通同舞弊，吞盗官粮。朱元璋闻之大怒，下令锦衣卫拷讯涉嫌官吏，结果这些人供认：与他们勾结的还有刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦志德等人。据记载，这些人的主要犯罪事实为与十三布政使司盗卖入仓官粮，及接受浙西等府贿赂、卖放秋粮等。对于牵涉面如此广泛的重大案件，朱元璋的处理是十分果决的，六部中凡有官吏与此案有染者，“举部伏诛”，同时，十三布政使司中管理官粮的官吏也尽数斩杀，“系死者数万人”。