但由于大量渔民被籍入伍，事实上由国家供养起来，从而在一定程度上缓和了由海禁造成的严重矛盾。

洪武十三年（1380年），左丞相胡惟庸谋反事发，据供称，日本幕府与之有勾结。日本贡使伏兵于贡船，并将火药兵器藏于入贡的巨烛之中，等进宫朝见时，内外一齐动手。事情败露后，朱元璋无比气愤，立马断绝了与日本官方的关系，开始着手在沿海建设大规模的防务工事。洪武十七年（1384年），汤和等筑山东、江南、江北，浙东、浙西海上59城，以备倭为名，设置行都司。二十年（1387年），周德兴往福建福、兴、漳、泉四郡，筑海上16城，籍民为兵，以防倭寇。这种海防建设称得上是朱元璋的创举，对于保障中央王朝海疆的安全是必不可少的。明朝政府还增置沿海卫所，添造多橹快船。据不完全统计，当时从辽东至广东沿海共有五十多卫，拥有士兵二十余万，而且防御设施相当完备。如每卫有5个千户所，备有战船50艘，每船旗军50名。也正是由于拥有了强大的海防力量，才使洪武一朝的“海患”得到有效遏制，未酿成大患。