倭寇”四处横行的症结所在，因而下令禁海，不仅严禁渔民下海，就是海边带有双桅之船也全部焚毁，违者处斩。他宣称：“去外盗易，去中国盗难。去中国群盗易，去中国衣冠盗难。”为此，朱纨采取了果断的措施，将抓获的通番奸细数十人斩首示众，同时上报了有通倭嫌疑的数码权官的姓名，请示上司予以惩戒。

朱纨的举措在沿海地区引起了极大的震动，也为自己招来了灾祸。当时，在有名的通商口岸如浙江宁波、定海，福建漳州等，为谋取厚利。权官之家大都参与走私贸易，因而均可称为“通番”的巢穴。他们对朱纨的揭露与严厉措施恨之入骨，自然不会束手待毙。这些人通过种种关系。令朝中人士弹劾朱纨等人擅权专杀。世宗偏听偏信，很快罢免了朱纨的官职，并派人进行审查。没想到，审查的结果竟与朝官的弹劾如出一辙，朱纨愤而自杀。“倭患”的出现使明朝官府内部相互倾轧的丑恶暴露无遗。

朱纨死后，浙江巡按御史董威等人请求放宽海禁，得到朝廷的批准，但这种措施并没有达到有效遏制“倭患”的目的，因为走私集团通过武力较量，看到了嘉靖朝野畏惧“倭寇”的心理，尝到了四处杀掠的甜头，进而演变成了专门从事掳掠的职业海盗。明朝海防工事年久失修，兵士缺乏训练，毫无斗志，遇敌则溃，这种情形更使“倭寇”得意忘形，无所顾忌。明朝虽派出重臣前往戡乱，但只是处于被动守御的状态，无力主动出击，而“倭寇”之船却联翩海上，四处流动作战，故而能避实就虚，出奇制胜，使官军防不胜防，疲于应付。明军四处追剿，结果导致“倭患”的四处蔓延。工部侍郎赵文华在倭寇猖獗的情况下，甚至荒谬地提出祷祀东海之神，以镇抑海患。这种自欺欺人的做法只能加重沿海官民的困扰，丝毫无助于问题的解决。于是，横行的倭寇又在杭州城外上演了“流血成川”的惨剧。