去世，皇太子朱常洛即位，是为“光宗”，改元“泰昌”。光宗沉湎于女色，不到一个月就一病不起。由于郑贵妃曾向光宗进献美女，并据说指使了中官崔文升进食泄药，故而被认为有谋害光宗的嫌疑。光宗病危后，鸿胪寺丞李可灼又进红色药丸二粒，光宗吃了之后，第二天便一命呜呼，当时称为“红丸案”。光宗死后，为了反对先朝妃嫔挟持幼帝，杨涟、左光斗等人迫使先前与光宗同居乾清宫的李选侍移居哕鸾宫，史称“移宫案”。东林党人以维护皇权的面目出现，坚决反对郑贵妃、李选侍干政，公开抨击危害皇太子、皇帝的行为，主张严厉追查三案的当事人及其幕后操纵者。天启以后，魏忠贤阉党专政，杨涟、左光斗等人上疏弹劾魏忠贤，表现出不畏强暴、刚直不阿的英雄气概，遭到魏忠贤的陷害和镇压。随着阉党势力的恶性膨胀，东林党人遭受到了自万历中叶以来最为沉重的打击，他们或被酷杀；或不得不自杀；或惨遭禁锢；或放逐罢免。

鉴于晚明时期吏治的严重腐败，东林党人还在京察、大计中力图澄清吏治。不过，由于党争利益的需要，东林党人的政治主张往往与他们攻击异己的动机纠缠在一起。