东林党领袖顾宪成说：“当今所最怪者，庙堂之是非，天下必欲反之。”“庙堂”是指朝廷。他的意思是说——当今最奇怪的一点是，凡是朝廷赞成的，东林党人控制的舆论就必定要反对。对此，顾宪成则反唇相讥：“吾见天下之是非，庙堂必欲反之耳。”确实，凡是东林党人赞成或反对的，把持朝政的浙党一定要反其道而行之。关于这一点，东林党人及其政敌聚讼纷纭的“卫国本”，便是极为明显的一例。万历十四年（1586年）。朝廷群臣为了册立皇太子之事发生了激烈的论争。明神宗的皇后没有生儿子，而妃嫔之中，王恭妃生有一子（朱常洛），郑贵妃生有一子（朱常洵）。朱常洛年纪为长，按照封建传统惯例理应成为太子。但明神宗因对郑贵妃情有独钟，一直想立朱常洵为太子。这种念头一经流露，就遭到了朝臣们的激烈反对。明神宗无奈之余，干脆一拖再拖，就是不立太子。万历二十一年（1593年），明神宗又耍了个花招，下诏要并封朱常洛、朱常洵为王，借口是要等皇后嫡子出生以后再定储位。此事在朝臣中掀起了轩然大波，大家纷纷反对。神宗迫于众议，不情愿地在万历二十九年（1601年）册立朱常洛为皇太子，分封朱常洵为福王。但福王仍然迟迟不赴封地就藩，以至于朝臣疑虑纷纷，这就是持续时间长达二十多年的“国本”之争。这一事件本身原本并不足道，但它却成为晚明党争的开始。稽之史籍，浙党与东林党人在这一问题上其实并没有什么分歧，他们都一致要求神宗早日册封皇太子。但双方却借题发挥，相互攻讦不已，聚讼纷纷。又如，万历年间矿监税使的肆虐，不仅引起了东林党人的极大愤慨，浙党及其他与东林党人不和的官僚，也不乏反对的意见。首辅沈一贯、左都御史温纯、户部尚书赵世卿和司礼监王义等人，都进行过罢除矿监税使的活动。但东林党人却故意视而不见，因此在他们谴责矿监税使横行的呼声中，就常常挟带着攻击执政异己的党争利益，从而因朋党门户的私利，削弱了“为民请命”的社会正义感。