军围困燕王府。事泄，朱棣乘机起兵。这次内战，前后持续了四年。朱棣久居北平，苦心经营，藩国附近的卫所，先后受其管辖节制，所以“靖难”起兵，一呼百应，士气十分饱满。

在战争过程中，朱棣又得到鞑靼军的帮助。在南京方面，不少的太监因朱允炆对太监进行惩肃，纷纷投靠朱棣。朱棣也竭力拉拢收买，因而获得了大量有关防务虚实的密报。而朱允炆虽然处于正统的有利地位，但处处表现出迂阔懦弱，完全不是朱棣的对手。在军事指挥、用人方面，朱允炆也是优柔寡断，听信谗言。

公元1402年4月，燕王攻打灵壁，遇南军将帅徐辉祖，燕军畏惧，踌躇不前。恰好在这时候，朱允炆偏信谗言，临阵易将，把徐辉祖调回，结果南军士气随之瓦解，降者数万人，燕军大胜。燕军从此南下，势如破竹，6月攻入南京。朱允炆在宫中自焚而死，封建统治阶级内部这场皇位争夺战，至此结束。

朱棣进入南京后，大肆杀戮，进行报复。齐泰、黄子澄、方孝孺等都被杀害，灭族、株连数万人，称之为“瓜蔓抄”，镇压极为残酷。