刻都用圣贤的要求去规范自己学生的行为，一言一行都要有帝王的风范。在这种严格的教导之下，万历皇帝对这位老师从心里既尊敬又畏惧，朝政大事全部交给张居正，自己则专心于读书学习。这样一般师生君臣之间的亲密关系本来可以传为美谈，但是事情总不能尽如人意。张居正实在对皇帝太严厉了。

万历皇帝从小学习书法，而且字写得极好。常常写一些字幅送给身边的亲信大臣，张居正也是经常得到皇帝赐字的人。小皇帝把书法当做爱好，非常引以为自豪，但是没过两年，张居正就以书法只是末技为理由，劝皇帝不要过于沉醉其中，还强硬地撤去了皇帝每天必上的书法课。从这样的一件小事中．张居正的强硬、说一不二的作风已经伤了小皇帝的心。后来又有一次，小皇帝和身边的两个太监一起深夜醉酒，在宫中胡闹，结果第二日受到皇太后的严厉斥责，还由张居正做主，把皇帝身边陪他玩耍的太监全部调走了，他还逼着皇帝向全国百姓发布了一篇“罪己诏”，措辞十分严厉，让小皇帝觉得实在受不了。就在这样的一次次打击中，万历皇帝对张居正的感情慢慢从敬畏转变为怨恨。