多次提出要寻访皇后的宗族亲戚加以封赏爵禄。马皇后说：“国家官爵当与贤能之士。妾家亲属未必有可用之才，且闻前世外戚之家多骄淫奢纵，不守法度，有致覆败者。陛下加恩妾族，厚其赐予，使得保守，足矣。若其果贤，自当用之；若庸下非才而官之，必恃宠致败，非妾之所愿也。”朱元璋遂作罢。史家称明代“后妃居宫中，不预一发之政，外戚循理谨度，无敢恃宠以病民，汉唐以来所不及”。这与马皇后的智鉴和表率作用是分不开的。

马皇后平时很注意对后宫的教育，她时常向宫人们讲述古代宫帏制度。为了教育后宫，她特令女史官辑录宋朝贤后事迹，作为楷模，朝夕省览。有人说宋朝过于仁厚，马皇后说：“过仁厚，不愈于刻薄乎？”一日，她问女史官：“黄老何教也，而窦太后好之？”女史回答说：“清净无为为本。若绝仁弃义，民复孝慈，是其教矣。”马后说：“孝慈即仁义也，讵有绝仁义而为孝慈者哉。”有明一代，宫壶肃清，马皇后领导后宫，勤于内治，起了相当的作用。

洪武三年（1370），诸将击败残元势力，攻克元都，将元室珍宝贡献至京师，举朝祝贺。马后问：“得元府库何物？”朱元璋答：“宝货耳。”马氏道：“元氏（元朝）有是宝何以不能守而失之？盖货财非可宝，抑帝王自有宝也。”朱元璋会心地说：“皇后之意，朕知之矣，但谓得贤为宝耳！”马后称谢说：“诚如圣言，妾每见人产业厚则骄至，时命顺则逸生。家、国不同，其理无二，人之常情，所当深戒。妾与陛下同处穷约，今富贵如此，恒恐骄纵生于奢侈，危亡起于忽微。故世传‘技巧为丧国斧斤，珠玉为荡心酰毒’，诚哉是言。但得贤才朝夕启沃，共保天下，即大宝也，显名万世，即大宝也，而岂在乎物乎。”