部闻讯，纷纷丢弃兵甲、粮草，慌忙南逃。

李景隆兵败，黄子澄却藏匿不报。待朱允炆风闻察问，黄子澄仍借口天寒，士兵冻馁暂退德州（今属山东）。同时派人密告齐泰不得泄露失利之事。朱棣又上书陈述道理，并以诛齐泰、黄子澄传檄天下。迫于形势的压力，朱允炆只好罢免齐泰、黄子澄的官职，但仍旧依靠二人“筹划治兵”。朱棣得知李景隆虽然兵败，却于德州集结兵力，企图等明年春天，再攻北平，遂于建文二年（1400）正月，先发制人，率兵攻占蔚州（治今河北蔚县西南）。四月，于白沟河再度大败李景隆军。五月入德州，随后兵围济南（今属山东）。李景隆逃人济南后，据城固守，靖难军久攻不下，便引水灌城，亦不克。

九月，朱允炆再遣大将军盛庸总领平燕大军北伐。朱棣派兵袭击沧州（今属河北），俘都督徐凯。然而十二月，靖难军于东昌（今山东聊城）败于官军，张玉被斩，靖难军溃败而逃。张玉阵亡，令朱棣悲痛欲绝。而朱允炆以官军大捷，诏复齐泰、黄子澄官，仍领军国事。