限制与盘剥，极大地阻碍了资本主义萌芽的发展，同时也阻碍了社会经济的发展。加之嘉靖、万历年间，统治集团的荒淫腐朽，府库日渐空虚，朝廷财政危机不断加剧。

明万历二十四年（1596）起，神宗为了摆脱入不敷出的财政危机，陆续派遣大批宦官作为矿监税使，分赴各地课敛诛求。税使专事在重要城镇、关隘和水陆要道上设立关卡，课征商税。“水陆行数十里，即树旗建厂。视商贾懦者肆为攘夺，没其全货。负载行李，亦被搜索。又立土商名目，穷乡僻坞，米盐鸡豕，皆令输税”③。税使亦遣爪牙于长江上拦截过往船只，强行征税，以至于一舟扬帆三四百里，就要交五六次税。运河仅临清至济宁段，约400里长的河段上，“层关叠征”。而矿监更以开矿为名，见“富家钜族，则诬以盗矿。良田美宅，则指以为下有矿脉，率役围捕，辱及妇女，甚至断人手足投之江”④。他们拆民房，掘良田，挖坟墓，无所不为。

矿监、税监使的“纵横绎骚，吸髓饮血”，极大地摧残了工商业的发展，使“天下萧然，生灵涂炭”⑤，大量的工商业者破产，店铺倒闭。如河西务原有布店160余家，倒闭多达130多家。山东临清原有绸缎店32家，倒闭21家；布店73家，倒闭45家；杂货店则关闭了41家⑥。由此可见，“自税使纷出，而富商之裹足者十二三矣。及税额日增，而富商之裹足者十六七矣”⑦。商贾裹足，商业萧条，政府的税收亦大为减少。万历二十五年（1597），仅崇文门、河西务、临清、九江、淮安等地税卡每年可收税407500余两，到万历二十九年（1601），减少到266800两。