居首辅。神宗召王锡爵，令拟御旨，昭示三王并封之意。王锡爵不敢违旨，立即奉诏拟御旨。然在廷臣包围下，又外虑公议，遂又拟疏请令皇后抚育长子，则长子即为嫡子。神宗只以前谕下礼官，欲行三王并封之礼，朝臣大哗，纷纷指斥王锡爵委婉妥协。王锡爵自劾有误，请辞职，神宗亦迫于众议，收回成命。神宗欲以“待嫡”及“三王并封”扰乱皇长子“预教”之实施既未能果，皇长子十三岁时（万历二十一年，1593），如议照办，且各项礼节仪式悉与东宫出阁无异。

立储东官一拖再拖，皇长子已及冠婚年龄。是不待册立，先行冠婚？抑或先行册立，使皇长子以太子身份举行婚礼？对立双方又展开争论。郑贵妃一方主张先行冠婚，可使皇长子与诸子在婚礼上无所差异，而皇长子一方则认为冠婚乃大事，力主后者，先行册立。双方相持不下。直至二十九年（1601）皇长子年已二十（按明代宫廷惯例，无论太子及诸王，十五六岁便已达冠婚之年），不能再拖。神宗见立郑妃之子为太子事一再失败，立长之局难变，只得勉从众议。十月，册立长子常洛为太子④，不久加冠，并于次年二月举行婚礼。

皇太子乃未来之国君。册立东宫，确立皇太子地位，关系国之根本，故建储之争史称国本之争。

三案之一——梃击案国本之争方告平息，明朝宫廷中又相继发生“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”。三案反映了万历末年以后最高统治集团内部为争夺权力而激烈斗争的情况。