从哲“不伸讨贼之义，反行赏奸之典”，其“十大罪、三可杀”，罪责难逃……先后上疏弹劾者主事王之案、刘宗周等四十余人。红丸一案最后以李可灼充军、崔文舁贬放南京、方从哲仍无事而告终。

三案之三——移宫案移宫案为三案最后一案。移宫所指宫殿为干清官。干清官地位之重要，左光斗曾有评说：“内廷之有干清官，犹外庭之有皇极殿。惟天子御天居之，惟皇后配天得共居之。其他妃嫔虽以次进御，不得恒居。非但避嫌，亦以别尊卑也。”⑨干清官实乃帝权之象征，为妃嫔所向往者。

当光宗即位后，原一再阻挠的郑贵妃惧帝忌恨，一改往日常态，极力讨好光宗，以珠玉及美女四人进献，选侍李氏最得帝宠。郑贵妃又献媚于李选侍，两人互相勾连，郑贵妃为其争封皇后，请其随光宗皇帝迁至乾清宫（按：当时新天子尚无皇后，即位前之太子妃郭氏已去世）；李选侍亦请晋封郑贵妃为皇太后。于是光宗命首辅方从哲封贵妃为皇太后，方从哲命礼部照办，经侍郎孙如游力争，事乃止。后又召方从哲、刘一燥、韩旷等至干清官，光宗至东暖阁，仍谕册封李选侍为皇贵妃⑩。此后不久，光宗病死。光宗死后，按例李选侍当迁出干清官，由继承帝位之新天子入内居住。然李选侍坚持不迁。为此李选侍及兵科给事中杨涟等争斗不邑，由此生发很多变故，史称“移宫案。”