自前去。世宗十分生气，下了一道谕旨，上面明写着若再出现这种想要通过劝谏君主来谋取自身声名的人，必将判重罪。文武百官听说之后，都惊恐不安，哪里还敢管闲事，唯独周冕仍然据理力争。世宗大怒，立即将他逮捕入狱，想要重罪责罚。但事后又被周冕直言进谏的品格所感动，最终还是释放了，复派原职。祭祖风波之时，太子已经十一岁了，但还没有开始系统地学习如何为人为君的圣贤道理。周冕出狱之后，首先提出的建议是要世宗早日为太子选定名师，教化品性。世宗本来就余怒未消，对此更是怒不可遏，下令用棍棒将周冕赶出京城，贬为云南典史。虽然遭此远逐，可周冕依旧心怀豁达，没有怨恨之情。

几年之后，周冕调回京城任兵部武选郎中。此时，发生了杨继盛上疏弹劾掌握朝政数十年的权臣严嵩及严效忠的事件，并牵扯到欧阳必进等有关大臣，他们纷纷上疏为自己辩护。一时间，朝中乌烟瘴气。世宗心中烦躁，命令兵部调查事情真相。周冕经过调查后上奏直言严效忠是依托严嵩，伪称姓名，谎报军功，并细细指出严嵩之子严世蕃所递送材料中的种种可疑之处：“假若严效忠曾考中过武举人，那为什么没有原籍官府举荐选送他们的文书？如今又为何自称平民而不称作武举人？严效忠自称是严鹄之兄，严世蕃之子，但严世蕃之子大都年幼，并没有起名叫做‘效忠’的。假若严效忠真是斩杀敌人首级七颗，那为什么其他将领没有一人上报斩杀敌人首级之功，难道在三军之中唯独宰相之孙骁勇善战吗？况且他当时才十六岁，怎能担当大将之任？在前方大捷与朝廷得知消息之间不到一个月，为什么万里之遥的军事情报传递得如此迅速？”