有年上疏陈述济急六件事，其中请求稍放宽以前禁令，让江西百姓得以自救。就被人弹劾违背皇上禁令，神宗生气，就削去他的职务让他回乡。经过推荐重新起用为官，积功升任吏部右侍郎。后来调到兵部，又调吏部。万历二十一年和南京吏部尚书温纯共同主持京官考核，所贬黜的都得当。没多久就代替温纯的位置，又召拜为吏部尚书，引用的同僚和属吏都是当时最突出的人才。

第二年，王锡爵将要退休，朝廷推荐阁臣，神宗下令不要拘于资格品级。文选郎顾宪成等人因推荐名单不合神宗心意因而遭贬。王锡爵首先上疏营救，陈有年和赵参鲁等接着上奏章，神宗都不采纳。赵志皋、张位也假装进言，认为辅臣应当由特别任命产生，朝廷推举不可取法。陈有年耿直地上疏进言：认为阁臣由朝廷推举由来已久，并非从现今开始，至于不拘资格品级，则是皇帝的圣谕，臣下哪敢不遵从照办的。于是坚决乞求准予辞职。神宗得到奏章，见他言辞正直，就下诏温和恳切的加以安慰。陈有年从此多次上疏托病乞求辞职，神宗还是慰留，赏赐食物、羊酒。陈有年更坚决请求，并竭力请求神宗起用废置的人。最后，神宗准予告假，乘驿车回去。