实习政务，恰逢内阁首辅张居正的父亲去世，而他却未按礼制回家守孝，再加上平时专横独断，对朝政大包大揽，造成许多弊端。邹元标愤愤不平，于是草拟奏疏，指责张居正学术偏执、刚愎自用、用人唯亲。奏疏写成，邹元标怕人知道是弹劾张居正的而被扣留，就揣在怀中，呈上时假称是请假的奏疏。然而，张居正一手遮天，朝中之事无不经由其手，所以，邹元标的奏疏根本就没给皇上看，而是被张居正作了批复，在朝堂上杖打八十。好在邹元标年轻力壮，没有立即毙命。但是张居正还不解气，又把他流放到边关去戍守。邹元标面对困境，并不气馁，还怡然自得地专心研究心性理学，学问大有长进。

六年之后，张居正去世，邹元标才被召回，任吏科给事中。邹元标终于得到再次实现政治抱负的机会，在上任伊始，就陈上奏疏培养圣德、亲近贤臣、严肃法规、崇尚儒行、整治群臣等五件事。不久，慈宁宫发生火灾，邹元标上疏直言，劝神宗自我反省、清心寡欲。神宗昏庸，不辨忠奸，以为邹元标是在讽刺自己，十分恼怒，降旨斥责。邹元标就这样被贬黜。此后，虽多次被人举荐，但神宗怀恨不已，始终没有起用，邹元标赋闲达三十年之久。不过邹元标坚守“达则兼济天下，穷则独善其身”的信条，在乡里讲学，跟他学习的人日益增多，成为名满天下的大学问家。