清军勾结，假装设宴为高洁接风，将他灌醉后杀害，率部投降清朝。史可法为了保全实力，退守扬州（今江苏扬州）。明军将领左良玉也为避免与清军作战顺长江东下，四月初病死于舟中，部下也叛变了。与此同时，清军加紧南下，不断进攻明军。随后，清军分三路齐头并进，意图一举摧毁南明弘光小朝廷。在清军的强大军事攻势下，南明军不断有将领不战而降。四月二十四日，清军用红衣大炮轰塌扬州城墙。二十五日，扬州城陷落，史可法被俘后遇难。清军占领扬州以后，统帅多铎以扬州军民不听招降为由，下令进行屠城，居民几乎全遭屠杀，“城中积尸如乱麻”。消息传到南京（今江苏南京），弘光君臣顿时惊惶失措，惶惶不可终日。五月初十，弘光帝仅与马士英和少数宦官商议后，未作任何部署，就在凌晨离开南京城逃亡。当逃至芜湖（今安徽芜湖）后，被田雄等人出卖，活捉后献给清军。在不断的党争和严重的腐败等因素作用下，南明弘光小朝廷最终土崩瓦解了。弘光帝被俘以后，六月初八，潞王朱常涝虽就任监国，也是胸无大志，不图恢复，不久便降清了。清顺治三年（1646）五月，清朝廷以“图谋不轨”为借口，将他与其他的明朝降臣一起处斩。