创建，刘基便奏请太祖立军卫法即卫所兵制。同时又以处州为试点，初步确定税粮标准，在江南富庶之地，参考宋制亩加五合。太祖特敕，刘基家乡浙江省青田县税粮每亩免加五合，所谓“令伯温乡里，世世为美谈也”。可见太祖笃信重用刘基，也可以说，刘基因功高德懿，泽及乡里，名垂青史。

太祖出巡汴梁，刘基与左丞相李善长留守南京，刘基认为宋元由于法纪松弛，刑人宽纵而失去天下，现今于建国之初应当整肃纪纲，让御史察民情，大胆弹劾官吏，不要有顾虑，哪怕是宿卫宦侍内外廷重臣，犯法有罪者，都要实时举报。甚至连太子有罪也要绳之以法。人们都畏惧刘基执法严肃。适有中书省都事李彬，犯贪纵之罪被徒刑，左丞相李善长平素与李彬十分亲密，请求减缓刑狱，刘基不听，驰奏报可，李彬正在行祈雨仪式，立即被拉出斩首。因此刘基为严格执法竞与李善长相忤而构怨。从此也不难看出其为人之一斑。太祖回京抱怨刘基不该在祈雨之时杀人于祭祀坛下，这是对鬼神大不敬的表现，平时怨恨刘基的人乘机交相攻击告讦，恰逢当时天旱无雨，刘基建议，认真处理一下死亡士卒的家属、伤亡工匠及吴降将吏卒一的善后事宜。太祖从其言。朱元璋营建中都（今安徽凤阳），并锐意扫灭扩廓帖木耳，刘基进谏说：“凤阳虽帝乡，非建都之地。王保保（扩廓）未可轻也。”⑤太祖不听。不久，定西（今甘肃定西县）失利，扩廓北窜大漠，一直成为北部边患。这件事再次证实刘基对问题分析判断的准确。当年冬天，太祖论刘基功劳，追封其先祖文官职，又大加赏赐刘基，几次想晋刘基官爵，都被刘基坚决推辞掉。